SARS冠状病毒S2基因变异性分析

目的测定SARS冠状病毒GD322株S2基因序列并对SARS-CoV S2基因进行系统进化树分析.方法用RT-PCR法从SARS-CoV GD322株基因组中扩增S2基因片段并克隆至pGEM-T载体,转化大肠杆菌DH5α株后测序.利用Lasergene、ClustalX、DNAman和Treeview等软件,将基因序列翻译成氨基酸序列后,与早、中、晚期各地暴发的SARS-CoVS2蛋白序列进行比对,构建系统进化树,并在Internet网数据库中对S2蛋白氨基酸序列进行T细胞抗原表位预测.结果随着SARS-CoV的传播流行,S2基因趋于稳定,晚期的SARS-CoV S2基因的同源性达到99.9%.T细胞抗原表位预测发现,SARS-CoV S2蛋白第57位氨基酸突变对T细胞抗原表位有影响.结论 SARS流行过程中SARS-CoV S2基因较为稳定,S2蛋白57位氨基酸的突变可影响病毒T细胞抗原表位.

作 者： 周浩 龙北国 张文炳 江丽芳 陈丽丹 贡树基 赵卫 ZHOU Hao LONG Bei-guo ZHANG Wen-bing JIANG Li-fang CHEN Li-dan GONG Shu-ji ZHAO Wei   作者单位： 周浩,龙北国,张文炳,陈丽丹,贡树基,赵卫,ZHOU Hao,LONG Bei-guo,ZHANG Wen-bing,CHEN Li-dan,GONG Shu-ji,ZHAO Wei(南方医科大学微生物教研室,广东,广州,510515)

江丽芳,JIANG Li-fang(中山大学中山医学院微生物学教研室,广东,广州,510080) 

刊 名： 南方医科大学学报  ISTIC PKU 英文刊名： JOURNAL OF SOUTHERN MEDICAL UNIVERSITY  年，卷(期)： 2006 26(4)  分类号： Q754  关键词： SARS-CoV   S2基因   序列分析  

SARS冠状病毒S2基因变异性分析

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